Dinas Pengairan Kabupaten Purworejo dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Purworejo Nomor 20 Tahun 2003 tentang Pembentukan Kedudukan, Tugas Pokok, Fungsi dan Susunan Organisasi Dinas Pengairan Kabupaten Purworejo. Kemudian untuk menjabarkan tugas pokok dan fungsinya maka diterbitkan pula Keputusan Bupati Purworejo Nomor 10 Tahun 2004 tentang Penjabaran tugas pokok dan fungsi serta Tata Kerja Dinas Pengairan Kabupaten Purworejo.
Sesuai dengan Peraturan Daerah dan Keputusan Bupati tersebut di atas, susunan organisasi Dinas Pengairan Kabupaten Purworejo terdiri dari :
1. Kepala Dinas.2. Sekretariat, terdiri dari
- Subbagian Monitoring, Evaluasi, dan Pelaporan
- Sub Bagian Keuangan.
- Sub Bagian Umum dan Kepegawaian.
- Seksi Perencanaan.
- Seksi Pengkajian dan Pengembangan.
- Seksi Sungai, Drainase dan Sistem Informasi .
- Seksi Pemberdayaan dan Perijinan
- Seksi Operasional dan Irigasi Desa
- Seksi Rehabilitasi dan Pemeliharaan.
- Kepala UPT
- Kepala Urusan Tata Usaha
Selanjutnya Dinas Pengairan yang merupakan dinas teknis, maka guna kelancaran dalam melaksanakan tugas di wilayah, dibentuklah susunan organisasi Unit Pelaksana Teknis ( UPT ) berdasarkan Keputusan Kepala Dinas Pengairan Kabupaten Purworejo Nomor 061.1/26 Tahun 2004 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Dinas Pengairan Kabupaten Purworejo yang terdiri dari 5 (lima) UPT, yaitu:
- UPT Pengairan Wilayah Purworejo, dengan wilayah kerja meliputi Kecamatan Purworejo, Kecamatan Kaligesing, Kecamatan Banyuurip serta Kecamatan Bayan
- UPT Pengairan Wilayah Kutoarjo, dengan wilayah kerja meliputi Kecamatan Kutoarjo, Kecamatan Grabag serta Kecamatan Butuh
- UPT Pengairan Wilayah Kemiri, dengan wilayah kerja meliputi Kecamatan Kemiri, Kecamatan Bruno serta Kecamatan Pituruh
- UPT Pengairan Wilayah Purwodadi, dengan wilayah kerja meliputi Kecamatan Purwodadi, Kecamatan Ngombol serta Kecamatan Bagelen
- UPT Pengairan Wilayah Loano, dengan wilayah kerja meliputi Kecamatan Loano, Kecamatan Gebang serta Kecamatan Bener.
